鱼塘经过修整后，可根据当地实际情况，选择以下药物进行消毒处理，以杀死野杂鱼、水生昆虫、底栖生物和各种病原体，常用消毒药物有生石灰、漂白粉、茶枯和巴豆等，以生石灰的消毒效果最好。
生石灰消毒
生石灰遇水后会产生强碱故有很强的灭菌及杀死敌害能力。在苗种放养前半月左右，选择晴天采用生石灰消毒。消毒时，鱼塘需留水7-10厘米，以便撒入的生石灰能均匀分布。生石灰用量，一般每亩60-75公斤，淤泥少的鱼塘则用50-60公斤。
【用法】先在池边周围挖若干小潭，然后将生石灰放入潭内吸水深化，不待冷却即用木锹向周围泼洒，务必使灰浆均匀泼遍全地。如果鱼塘两岸较狭能直接洒到的，可将生石灰在木桶中化浆后直接泼洒地中。待经数小时后，用长柄泥耙将塘底淤泥和石灰浆调和一下，使塘泥与石灰均匀混合，增加消毒除害的效果。排水不便的鱼塘，进行带水消毒，每亩鱼塘水深1米时，约用生石灰125-150公斤。
【特点】生石灰作用强烈并彻底，不仅可杀灭池中的野杂小鱼、蛙卵、蝌蚪、螃蟹、蚂蟥、毒苔等水生生物，而且可消灭鱼类的致病细菌、寄生虫。同时还可改良池底土质，提高土壤的肥力，增加水中的矿物元素，起到直接施肥的作用。
漂白粉消毒
漂白粉一般含氯量在30%左右，经潮湿分解放出次氯酸和碱性氯化钙。次氯酸释放出的新生态氧，有强烈的杀菌作用。
【用法】每立方米水体用漂白粉20克，将漂白粉加水溶解后，立即遍洒全池。漂白粉在空气中极易挥发和分解，须密封贮藏，隔绝空气。应贮藏于阴凉干燥的地方，以免失效。盛置漂白粉的器皿最好用陶磁缸和木制器皿，不宜用金属器皿。使用时应戴上口罩，在上风处泼洒药剂。
【特点】漂白粉效力相似于生石灰，但在肥水中药效会减低，而且消失也快，对急于使用的池塘较为适宜。
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