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个人所得税APP批量申诉的公司可能会被税务局查，具体要看具体情况而定。

首先，个人所得税APP允许个人批量申诉是基于简化操作、方便个人维权的原则，但如果批量申诉的对象涉及众多公司，则必须遵循一定的规范和程序。具体而言，如果个人在批量申诉中提供了虚假信息或误报，税务局可能会对相关公司进行调查，核实是否存在违规行为。

其次，税务局在调查过程中可能会采取多种措施，包括但不限于电话询问、现场调查、调阅相关资料等。这些措施可能会对公司的正常运营和声誉产生一定的影响。此外，如果税务局发现公司存在违规行为，可能会对公司进行处罚，包括罚款、滞纳金等。

因此，在批量申诉之前，个人应该确保所提供的信息真实、准确、完整，并遵守相关法律法规和规定。如果个人无法提供准确的信息或存在误报，建议咨询专业人士或税务部门，以避免不必要的麻烦和损失。

对于批量申诉的后果，首先可以肯定的是，批量申诉本身不会导致公司被注销或吊销营业执照等严重后果。然而，如果公司在批量申诉中存在违规行为，可能会面临一系列的后果，包括但不限于罚款、滞纳金、声誉受损等。此外，如果公司存在其他违规行为，批量申诉可能会成为税务局调查和追究责任的一个契机。

总之，个人所得税APP批量申诉的公司可能会被税务局查，具体要看具体情况而定。在批量申诉之前，个人应该确保所提供的信息真实、准确、完整，并遵守相关法律法规和规定。同时，对于批量申诉的后果也应该有所了解，以避免不必要的风险和损失。