在胡子鲶鱼养殖过程中，病害预防工作尤为重要。在日常管理工作上，必须在鱼苗投放时，做好鱼体消毒。常用食盐兑水1：30，即是1千克盐用30千克水，把下塘前的鱼苗浸泡20分钟后，才可放苗。鱼苗下塘时，运输过的鱼苗因塘水温度相差大，会出现“痉腰”症状。鱼苗下塘前，必须用桶将塘水慢慢冲入运鱼苗的桶内，使水温慢慢平衡，才可放鱼苗落塘。
鱼苗下塘后，投喂的饲料与育苗的饲料有改变，经常会在放养几天内出现肠道病，造成大量死鱼。因此，从放苗后第一次投料用6～10克红霉素拌入1千克饲料中投喂，每天1次，连续5天。
病毒性烂皮病胡子鲶鱼养殖危害最大疾病，该病多在鱼苗放养1个月后，体重50克左右时出现。整治表现为：病鱼体表出现水泡，鱼鳍基部充血，出现腐烂，严重者全身溃疡，此时会出现大量死鱼直到全军覆灭。防治方法：定期用生石灰兑水全塘泼洒，每667平方米用10～15千克石灰，连用15天为一次。如果出现此病时，大部分都没办法将病情控制，此病只有在日常管理上定期用药，做好预防为主。
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