胚胎在孵化中有两个高死亡阶段：一是孵化的4天集中在23天、，二是在出雏前两天内。引起胚胎死亡增多的原因可分为外部的和生理的两大类。
外部原因
1、弃巢。孵蛋的亲鸽弃巢现象是常见的，这可发生于孵化任何阶段，造成胚胎死亡。可将被抛弃的胚蛋在24--36小时内转移继养，从而使这种蛋获救。
2、受惊。如清扫鸽舍或在月光明亮的夜晚上夜班使亲鸽受惊离巢。
3、虫兽害。各种害虫害兽如虱、蝇、蚊于、臭虫、老鼠等，还有一些甲虫的幼虫会钻人刚啄破的蛋壳中吸食雏鸽血或直接以雏鸽为食。
4、巢箱结构不合理。巢箱的构造以杯形为宜，使孵化中的蛋不致滚离亲鸽腹下。
5、消毒剂、杀虫剂。所喷洒的消毒剂或杀虫子剂若进入蛋壳内就会杀死胚胎。为此，在舍内最好不要撒生石灰。在喷洒消毒剂时，也应尽可能将蛋遮盖。
生理原因
1、亲鸽老、弱、病。亲鸽老、弱、病时胚胎死亡率较高，如老鸽和病鸽其肛蛋死亡率高。
2、品种及近交。某些品种或品系，由于遗传原因，胚胎死亡率较高。此外，近交也会使胚胎死亡增多。
3、病变。缺碘可引起甲状腺肿，使雏鸽体弱或死于啄壳之时。胚胎感染了细菌或其它疾病则会死亡。感染鼠伤寒沙门氏菌的胚胎常在孵化最后几天死于壳内。
4、蛋滞留于输卵管内。蛋在输卵管内停留时间过长会因缺氧造成胚胎死亡。母鸽在产蛋时受惊、输卵管畸形、内分泌腺功能失调等，都可延长蛋在输卵管的停留时间。
5、蛋壳异常。蛋壳正常与否对胚胎发育有很大影响。蛋壳过厚，孵化时需较高的湿度。为此，可在雏鸽临啄壳前将厚壳蛋短时间浸人水中软化蛋壳使雏鸽易于出壳。薄壳蛋在孵化中比厚壳蛋的胚胎死亡率还高。
6、胎位不正。胚胎位置不正，雏鸽不能出壳，这种情况在双胎蛋中特别多。单胎蛋的胎位不正常发生于长而窄的蛋，或雏鸽在蛋小头啄壳时。
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